ファイルエクスプローラーで直接音声ファイルを消す方法

/system/meida/audio/uiにあるcamera_click.oggcamera_focus.oggを削除か名前変更
(動画の場合はVideoRecord.oggVideoStio.ogg)

Xposedモジュールで音を無音化する方法

上の方法でカメラ音などが消えなかった場合はアプリ内に音声ファイルが埋め込まれているかもしれないのでアプリから出る音を制御します。
App SettingsというXposedモジュールでカメラアプリの音を無音化させる。

http://i.imgur.com/wfKn6Kn.png

無音化にチェックを入れ右上にあるボタンで設定を保存することができます。

追記

こんな面倒なことしなくても一旦SIMカード抜いて起動しなおし、カメラアプリの設定からシャッター音を消してもう一回SIM挿しなおせば多分できる。やってないからわからないけど。